Näyttelyt ovat olennainen foorumi museon kokoelmien ja niihin liittyvän tutkimuksen sekä kokoelmatyön esittelylle.
Suomen valokuvataiteen museon kokoelmista tuotetaan säännöllisesti laajoja näyttelyitä. Näyttelyt voivat perustua perusteelliseen tutkimukseen ja esitellä uutta tietoa, tai ne voivat olla otteeltaan kevyempiä katsauksia museon kokoelmissa edustettuihin teemoihin. Näyttelyt voivat valottaa suomalaisen valokuvataiteen tai valokuvakulttuurin eri osa-alueita ja historiaa tai keskittyä yksittäisiin tekijöihin. Kokoelmiin kuuluvia kuvia on usein esillä osana muitakin näyttelyitä, joita ne täydentävät tai kommentoivat.
2023 tammikussa avautui Valokuvataiteen museon ensimmäinen pysyvä näyttely, Etsin. Etsin-näyttely pohjautuu museon laajaan kokoelmaan. Siellä nähtävät aidot valokuvavedokset ovat kuitenkin pääasiassa museon käyttökokoelmasta, sillä valokuvat ovat hyvin herkkiä valolle, ilmankosteudelle ja epäpuhtauksille, ja pitkä esilläolo väistämättä vähitellen vaikuttaa niiden säilyvyyteen ja kuntoon. Käyttökokoelmaan kuva saattaa päätyä puutteellisten kontekstitietojen vuoksi, tai koska kokoelmassa on jo paljon vastaavia kuvia. Varsinaiseen kokoelmaan kuuluvat kuvat ovat Etsimessä esillä pääasiassa käyttökopioina.
Suomen valokuvataiteen museon kokoelmia säilytetään, käsitellään ja tutkitaan Kaapelitehtaalla museon henkilökunnan työtiloissa, viisi kerrosta näyttelytilojen yläpuolella. Kokoelmiin kuuluu noin 2,5 miljoonaa vedosta ja negatiivia ja niiden lisäksi tuhansia valokuvaukseen liittyviä esineitä sekä paperiarkistoa ja valokuvakirjasto.
